Juan II quiso usurpar el reino legítimo de su hijo haciendo estallar una sangrienta guerra civil que marcaría el fin del reino navarro. Juan II el Usurpador tras lograr la victoria concedió en 1456 este señorío a los Peraltas como pago a su fidelidad en la guerra.
Desde entonces Mosen Martín de Peralta se instituye señor de Valtierra y Arquedas procurando a los dos pueblos un vasallaje. Construyendo el palacio como sede de su gobierno.
Tras continuos pleitos la villa, gracias a Carlos I recupera en 1527 su título de Buena Villa y con él sus libertades y privilegios.
Aunque el Palacio de los Gomara era del siglo XV actualmente solo se conserva su fachada Barroca del siglo XVIII y dos de los cuatro airosos torreones que, junto con la solana y el patio central con esbeltas columnas, constituían un monumento arquitectónico singular.
Construido por el arquitecto corellano José Argos. Su fachada está decorada con columnas de orden gigante y sus torres con triglifos y metopas. Actualmente se encuentra en el edificio la Biblioteca, Caja Navarra y la sala recreativa para jóvenes de la localidad.